Levéltári adatok alapján, 1806-ból származik az első hiteles adat arra vonatkozóan, hogy Nyíregyházán görögkatolikus oktatás folyt. Az iskola első épülete 1810-ben a görögkatolikus püspöki palota helyén állt (ma Sóstói út), ahol kántortanító is lakott. Az egytanerős iskolába inkább csak télen jártak írást, olvasást, számolást, hittant és egyházi éneket tanulni a gyerekek.

 Ekkor a görögkatolikus egyház liturgikus nyelve az ószláv volt, így a magyar betűvetés mellett a cirill betűket is tanították, hogy az óhitű vallást hűen tudják gyakorolni.     

            1860 körül épült a mostani Bethlen Gábor út 7. szám alatti telken egy egytantermes iskola és tanítói lakás. 1848-tól már rendes tanító végezte az oktatási feladatokat, aki egyben az egyházközség kántora is volt. Ekkor még Nagykálló volt a megye székhelye.

           1880-ban, ezen a helyen már 3 tantermes, 3 tanerős iskola működött, név szerint: Bokotely, Sesztai János és Korpos Mihállyal. Később, Erdős Vazul kiváló pedagógus ide vonzotta még az előkelőbb zsidó családok gyerekeit is, ebben az időben Nyíregyháza legjobb hírű iskolája volt a görögkatolikus iskola.

          1902-ben megvásárolta a görögkatolikus egyház Rajlik Jánostól a sarki (Bethlen G. és Egyház út) telket, s ezzel kiegészített területen épült egy új téglaépület, melynek alapzatát a régi templom köveiből rakták. A régi, 3 tantermes iskolát tanítói lakásokká alakították át. Igazgatók: Sesztai János, Varga György és Tóth György voltak; tanerőként Ivancsó Emma, Szijártó János és Posta István tevékenykedett.

1924-ben emeletet húztak a meglévő épületre, s így lett 6 tantermes az iskola, a földszinten 2 tanítói lakással, olyan meggondolással, hogy később ezek is tantermekként szolgálhatnak.

Az iskola igazgatói ebben az időben Tóth István, majd Szilvássy József voltak.

      Az iskolából sok kiváló egyéniség került ki, sok népes család igyekezett háláját anyagi támogatással is kifejezni. A hálás Maleczki, Farkas, Dankó és Király családoknak köszönhető, hogy az iskolafejlesztés megvalósulhatott. Tóth Pál építészmester nevéhez fűződik nagyrészben az iskola bővítése. Ebből az iskolából kerültek ki Fekete József és Kaszás György, a milánói tűzoltó világverseny győztes magyar csapatának kiváló tagjai.

Az iskola igazgatósága sok szegény gyereket vett pártfogásába, úgy ruházattal, mint más anyagi támogatással segítette őket, sőt további iskoláztatásukban is segítségükre volt. Elődeink bátran elmondhatták, hogy az iskolát nem anyagi alap, hanem a szeretet, a jószívűség és áldozatkészség fejlesztette az 1940-es évekre Nyíregyháza város egyik legnagyobb és jó hírnevű iskolájává.

        1948-ban, az iskolák államosításakor összevonták a református és a görögkatolikus elemi iskolákat 3-as számú általános iskola néven. Az államosításkor az iskola igazgatója Akurátni József volt. 1960 novemberében névadóul választották Bem József lengyel szabadsághőst. Baráti kapcsolatot épített ki az iskola a tarnowi iskolával, a névadó szülővárosában.

        A templom melletti iskolaépületben ideiglenesen a Zeneiskola kapott elhelyezést és bővítést. A zeneiskola új épületbe költözését követően a nyíregyházi Görögkatolikus Egyházközség   1996-ban kapta vissza az épületet, melyben megnyitotta a Szent Miklós Óvodát Mosolygó Tamásné óvodavezető irányításával.

        A Görögkatolikus Általános Iskolát 1998 nyarán Dr. Keresztes Szilárd görögkatolikus megyéspüspök alapította, fenntartója a Hajdúdorogi Püspöki Hivatal volt. 1999-től az első értettségi levezényléséig a többcélúvá bővült intézményt Szabó Bernát Sándorné igazgatta. Az általános iskola alulról építkezett, fokozatosan bővült a gyermeklétszám és a hozzájuk felvett tanerők és alkalmazottak száma. Az épületben átmenetileg egyidőben működött az óvoda, általános iskola és az építkezések ideje alatt a Szent Atanáz Hittudományi Főiskola, majd a többcélú intézmény kinőtte az alma mater falait. 2010-ben a fenntartó Kocsis Fülöp megyéspüspök ideje alatt épült fel a 16 tantermes, tornateremmel, szaktantermekkel, konyhával és uszodával működő, új Szent Miklós Görögkatolikus Általános Iskola a Bethlen Gábor út és Bessenyei tér sarkán. A régi iskolaépületben indult el a Szent Miklós Görögkatolikus Gimnázium 11 tanulóval, mely szintén alulról építkezett, mára, a Szent Miklós Gimnázium és Kollégium is új épületegységbe költözött (István utca 3.).

A számos nevelési-oktatási intézménynek otthont adó- és elindulását segítő iskola patinás épületete felújításre kerül, hamarosan Vallás Turisztikai Központ néven új funkciót tölt be. Az épület az egyházmegye kiállításainak és kulturális rendezvényeinek is állandó helyszínt biztosít majd, és kutatható levéltári anyagok is helyet kapnak itt.